ホームページを拝見しましたが、ＩＥでは正常に表示されていました。
カウンターは画像なので「文字化け」ということはないはずですが、一桁目が表示されないということでしょうか？
カウンター画像（0.gif〜9.gif）の縦のサイズが同一でないと画像が正常に表示されません。
ご利用されているカウンター画像のサイズを確認してみてください。
また、カウンターのタグに width=** height=** が記入されているとうまく表示できない場合があるようです。width=** height=** は指定しない方が良いかもしれません。

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